La cuenca hidrográfica, delimitada a partir de la divisoria de aguas superficiales, debe ser la unidad mínima de planificación con objeto de asegurar la gestión integrada de los recursos hídricos en ella generados. Esta definición de la cuenca hidrográfica como unidad mínima a efectos de planificación y gestión debe estar reflejada en la legislación vigente para permitir su aplicación práctica.

El primer paso consiste en definir sistemáticamente las cuencas hidrográficas en todo el territorio nacional. Esta tarea básica está ya realizada en la práctica totalidad de los países de la región.  En buena parte de ellos la delimitación y clasificación de cuencas se ha llevado a cabo siguiendo la metodología de Pfafstetter. Cualquier procedimiento que se base en la obtención de las divisorias (parteaguas) de aguas superficiales puede ser válido.

La definición de cuenca hidrográfica según el Glosario Hidrológico Internacional (OMM nº 385, 2012) es la siguiente: área que tiene una salida única para su escorrentía superficial. Dentro de esta definición cabe desde una microcuenca, de muy reducida extensión que corresponde a un cauce de corta longitud que desemboca en otro de mayor entidad, una subcuenca de superficie mucho mayor que corresponde a un afluente de mayor entidad que confluye con otro cauce principal, hasta la cuenca de un gran rio que desemboca en el mar y que puede extenderse por varios países.

La casuística puede ser muy amplia y no es inmediata la correspondencia entre cuenca hidrográfica y ámbito territorial de planificación hidrológica, tal cómo se expondrá en el apartado siguiente, Agrupación de cuencas en función de criterios hidrográficos y de gestión.

No obstante, es imprescindible señalar que la definición del ámbito territorial de planificación debe apoyarse en los límites de cuencas hidrográficas, no en límites administrativos de municipios, provincias, departamentos o estados que supongan el fraccionamiento de cuencas. Las fronteras internacionales, como se ha explicado antes, configuran un reto al que es necesario enfrentarse a la hora de definir los ámbitos territoriales de la planificación GIRH, tratando de alcanzar un entendimiento apropiado entre los países implicados que permita coordinar esfuerzos comunes, encaminados hacia la consecución de los objetivos perseguidos.

Así, como principio general, los ámbitos territoriales de la planificación hidrológica no deben ser inferiores a las cuencas hidrográficas correspondientes a la desembocadura de un río en el mar, o bien al punto de cruce del cauce con la frontera si se trata de ríos compartidos con otro país, o bien a la confluencia de un río con otro si el segundo constituye un tramo de frontera internacional. Solo así se evitará el fraccionamiento artificial de la continuidad hidrológica que implica la unidad de cuenca. Solo si el plan considera todo el territorio de la cuenca podrá materializarse la gestión integrada de los recursos hídricos, teniendo presente el efecto que produce cualquier actuación que se realice dentro de ella aguas abajo del punto en el que se ubica, independientemente de que el efecto aparezca en distinto municipio, provincia o departamento, subcuenca o microcuenca del de ubicación de la actuación.

Por tanto, el ámbito territorial mínimo del plan hidrológico debe ser la cuenca hidrográfica y comprende tanto sus aguas superficiales como las aguas subterráneas asociadas a ella, es decir, situadas bajo la superficie de la cuenca superficial. Si los acuíferos que se encuentran bajo la cuenca se extiendan también por otras cuencas, es decir, si no coinciden las divisorias de aguas superficiales y subterráneas y existen acuíferos compartidos con otras cuencas, se remite al apartado posterior en el que se aborda esta cuestión.

Puede darse el caso de que todo el país forme parte de cuencas transfronterizas, de manera que ninguna cuenca hidrográfica quede totalmente comprendida dentro del territorio nacional. Esto puede producirse en países interiores, sin frente costero, como Bolivia o Paraguay. En esta situación, la opción más adecuada puede ser considerar como ámbitos territoriales de planificación hidrológica las subcuencas de mayor extensión que queden por completo dentro del territorio nacional o bien agrupaciones de las mismas, según se comenta en apartados posteriores. No se considera conveniente desde el punto de vista hidrológico fraccionar estas subcuencas en otras de menor extensión y adoptar éstas como ámbito de planificación hidrológica. Ello es debido a que podrían adoptarse medidas en alguna de estas subcuencas que afectaran a otras situadas aguas abajo cuya repercusión no se evaluaría al formar parte de otro ámbito de planificación.