Con los caudales ecológicos ya concertados y formalmente adoptados en el Plan, se pasa a su implantación en la gestión del agua. En primer lugar, se emitirá el acto administrativo o normativo que establezca la obligatoriedad legal de respetar los nuevos caudales ecológicos para todos los aprovechamientos (p. ej., una resolución de la autoridad del agua que modifique las condiciones de las concesiones existentes). Se definirá una estrategia de implementación progresiva, cuando sea necesaria, diferenciando zonas o permitiendo un período de adaptación: por ejemplo, escalonar los caudales ecológicos incrementándolos gradualmente hasta alcanzar el valor pleno en un cierto número de años, especialmente en cuencas altamente reguladas.

Durante la implantación, se pondrá en marcha el sistema de monitoreo y control para verificar el cumplimiento. Si en la fase de seguimiento se detecta que algún caudal ecológico no cumple su función o genera impactos no previstos, se activarán los mecanismos de gestión adaptativa: es decir, se propondrán ajustes al régimen en la siguiente revisión del Plan.

En síntesis, esta tarea traduce las medidas de papel a la realidad operativa, garantizando que los caudales ecológicos pasen de ser números en el plan a flujos concretos en los ríos.