La definición como ámbito territorial de planificación hidrológica de la cuenca hidrográfica o bien de una agrupación de cuencas según los criterios antes expuestos, es compatible, en función de los problemas existentes en la cuenca y de su caracterización hidrológica, con que subcuencas o microcuencas sean objeto de programas específicos, pero siempre establecidos desde la visión conjunta de la cuenca, pues de lo contrario podrían generarse programas o proyectos incompatibles entre sí.

Ejemplos característicos pueden ser:

1. Subcuencas o microcuencas que debido bien a las actividades económicas que soportan o bien a la concentración de población que albergan, sufren problemas de deterioro de la calidad del agua que puede afectar a toda la cuenca aguas abajo. Estas subcuencas o microcuencas deben ser objeto de programas específicos de mejora de la calidad o tratamiento de aguas para revertir esta situación.
2. Subcuencas o microcuencas que albergan poblaciones dispersas que se abastecen con recursos generados en la propia subcuenca o microcuenca exclusivamente.
3. Subcuencas o microcuencas que deben ser objeto de restauración hidrológico forestal para reducir la pérdida de suelo por erosión, que puede generar una reducción de la capacidad de almacenamiento de embalses o un deterioro de la calidad que afecte al funcionamiento de plantas potabilizadoras, etc. 
4. Acuíferos que deben ser objeto de un plan de ordenación de extracciones para evitar o revertir una situación de sobreexplotación.

Sin embargo, el programa no debe definirse desde la perspectiva aislada de estos pequeños territorios, sino de la mejora general de la cuenca, que es el objetivo final. Cada programa debe quedar recogido en el Plan hidrológico.

Como ya se ha indicado, si se ha definido un ámbito territorial de planificación por agrupación de varias cuencas vecinas en función de las características hidrológicas y de gestión, si se considera conveniente, dentro de la agrupación podría mantenerse la consideración individualizada de cada cuenca hidrográfica, asegurando su representación y su participación en la toma de decisiones, preveiéndolo en la legislación vigente.