Como ya se ha indicado, con carácter general, la definición del ámbito territorial del plan hidrológico debe apoyarse en la delimitación de las cuencas hidrográficas y comprende tanto sus aguas superficiales como las subterráneas situadas bajo ellas.

No obstante, cuando no coincidan la divisoria superficial y la subterránea y, por tanto, existan acuíferos que no correspondan por completo a una cuenca, sino que se extienden por varias, pueden plantearse las siguientes posibilidades para la definición del ámbito territorial de la planificación hidrológica:

1. Agrupar todas las cuencas por las que se extiende el acuífero en un mismo ámbito territorial de planificación hidrológica. Esta opción puede estar indicada si el acuífero es determinante para la planificación y gestión de los recursos hídricos de todas las cuencas por las que se extiende. Así se garantiza la coordinación en todo lo referente al acuífero, al quedar tanto la parte superficial que le afecta como el propio acuífero dentro del mismo ámbito territorial de planificación.
2. Asociar el acuífero a la cuenca superficial que resulte más apropiada entre todas las que lo comparten. Esta opción puede estar indicada cuando una de las cuencas que comparten el acuífero resulta claramente determinante para su explotación por ser la que resulte condicionante en cuanto a la recarga, tanto desde el punto de vista cuantitativo (infiltración mayoritaria), como desde el punto de vista de la calidad de las aguas del acuífero por las actividades que afecten a la misma. Habitualmente estas cuestiones van asociadas a que la superficie del acuífero se concentra de manera claramente mayoritaria en una de las cuencas. En esta opción el ámbito territorial del plan hidrológico pasaría a ser tanto la cuenca superficial como el acuífero compartido en su totalidad. No obstante, si a pesar de que la mayor parte de la superficie del acuífero se encuentre en una de las cuencas y en ella se produzca mayoritariamente la infiltración, las extracciones se concentraran en la parte situada en las otras cuencas, podría ser mejor la opción c.
3. Asociar a cada una de las cuencas la parte de acuífero que se encuentra bajo ellas. En este caso un mismo acuífero pasa a formar parte de varios ámbitos territoriales de planificación, Por ello, resulta esencial establecer unos mecanismos de coordinación entre todos los ámbitos que garanticen la adecuada gestión del acuífero. Esta opción puede ser la más adecuada cuando no existe una clara preponderancia de alguna de las cuencas sobre el resto en cuanto a su participación en el acuífero.

Conviene señalar que debe preverse legalmente la posible existencia de las opciones b) y c), así como el procedimiento para establecer los mecanismos de coordinación entre ámbitos territoriales distintos para la opción c). En este último caso bien a través de los planes de las cuencas implicadas o bien mediante un instrumento de coordinación superior, como un plan nacional, o un plan de gestión del acuífero, se garantizará una adecuada gestión conjunta tanto desde el punto de vista cuantitativo, repartiendo los recursos entre las distintas cuencas, como desde el punto de vista de la calidad del agua, asegurando que las actividades en la zona de alimentación del acuífero no originan el deterioro de la calidad de sus aguas.

También es conveniente tener en cuenta que el hecho de que un acuífero sea físicamente compartido entre varias cuencas vecinas que correspondan a distintos ámbitos territoriales de planificación no debe necesariamente traducirse en su consideración administrativa como compartido. Si se decide definirlo administrativamente como compartido entre diferentes ámbitos de planificación, será necesario poner en marcha los procedimientos previstos en la opción c) antes indicada.

La declaración de un acuífero como compartido entre distintos ámbitos de planificación territorial es algo que excede a los organismos de gestión de dichos ámbitos, puesto que implica decidir sobre algo que está fuera de su territorio. Por ello, debe ser adoptada por un órgano superior y debe preverse en la legislación vigente. Esta declaración debe apoyarse en criterios claros y objetivos que deben quedar explícitos en la propia declaración, que sería de interés que incluyera tanto la caracterización del acuífero completo desde el punto de vista hidrogeológico como el reparto de sus recursos entre los ámbitos territoriales de planificación que lo comparten.